1. Po rozbalení všetkých častí vodnú fajku poskladáme. Ak je vodná fajka kompletne rozoložená (niektoré vodné fajky sú v balení už poskladané), spojíme tzv. downstem (spodná rúra, ktorá sa ponorí do vody) so srdcom tela vodnej fajky pomocou závitového spoju, otáčaním v smere hodinových ručičiek, rovnako aj hornú časť tela medzi srdcom vodnej fajky a tanierom. V hornej časti nájdeme tzv. tŕň, na ktorý sa dáva tesnenie pre korunku.. Tŕň odskrutkujeme v protismere hodinových ručičiek a medzi telo a tŕň vložíme pribalený tanier. Všetky závitové spoje doťahujeme len jemne rukou, aby po čase nedošlo k ich zaseknutiu.
2. Po zložení celého tela vodnej fajky odporúčame vodnú fajku a jej vázu prepláchnuť vodou alebo čistiacim prostriedkom na to určeným. Následne na pribalený náustok nasunieme hadicu. Na druhý koniec hadice nasunieme z vonkajšej strany kovovú strunu (ak je pribalená, ak nie odporúčame ju dokúpiť) proti zalamovaniu hadice, potom do vnútornej časti nasunieme konektor, ktorý sa zasúva do tela vodnej fajky. Niektoré vodné fajky neobsahujú konektor a hadica sa nasúva priamo na kovovú časť, ktorá trčí zo srdca. Aby šla hadica nasunúť ľahšie, môžeme časť konektora a náustku jemne navlhčiť vodou. Neodporúčame však použitie oleja alebo iných mazacích prostriedkov.
3. V tejto časti už máme vodnú fajku kompletne poskladanú a pripravenú na použitie. Do vázy nalejeme studenú vodu tak, aby bola spodná časť downstemu ponorená minimálne 1 centimeter vo vode. Následne skontrolujeme, či je hladina vody dostatočná, a to následným potiahnutím (ako keby sme vodnú fajku používali). Ak sa časť vody dostane až do hadice, znamená to, že je vody veľa a musíme trochu odliať. Uberáme postupne tak, aby sa voda nedostávala do hadice, zároveň ale musíme dbať na to, aby bol downstem dostatočne ponorený a prebiehala filtrácia.. Pri nasúvaní tela vodnej fajky do vázy odporúčame tesnenie navlhčiť vodou. Následne už len zasunieme hadicu do tela. Niektoré vodné fajky obsahujú aj tzv. difúzor na spodnej strane downstemu (je ponorený vo vode), pomocou ktorého si môžete prispôsobiť ťah vodnej fajky.
4. Samotnú vodnú fajku už máme pripravenú. Do korunky (predávaná väčšinou samostatne) nasypeme tabak (prípadne inú náplň určenú pre vodné fajky). Pri použití s alobalom sa tabak nesmie dotýkať alobalu, pri použití s heat management systém (predávaný samostatne) sa tabak musí dotýkať výstupkov na spodnej strane. Alobal musí byť dostatočne hrubý a natiahnutý pevne, potom do neho urobíme dostatočné množstvo dierok. Pripravenú korunku nasunieme na tesnenie, ktoré je kompatibilné s väčšinou koruniek. Ak máte pocit, že tesnenie je príliš hrubé alebo tenké, odporúčame zakúpiť si rôzne hrúbky tesnení pre použitie s viacerými korunkami. Rozpálime uhlíky na žhaviči prípadne plynovým horákom (neplatí pre samorozpaľovacie uhlíky) tak, aby boli nažhavené z každej strany a pomocou klieští ich položíme na alobal alebo vložíme do heat management systému. Počkáme 2 - 5 minút, kým sa zohreje korunka s tabakom a začneme ťahať. Ak sa vám zdá, že sa tabak pripálil a vodná fajka je moc silná, odoberieme jeden uhlík a pomaly ťaháme, kým sa tabak neochladí. Moderné vodné fajky obsahujú aj tzv. spätný ventil, ktorý slúži na vyfúknutie dymu z vázy a ochladenie korunky. Používa sa tak, že fúkaním do vodnej fajky sa vyfúkne dym von z vázy, tlak zatlačí na vodu a prúdenie vzduchu ochladí tabak v korunke. Prefúknuť môžeme aj viackrát za sebou, aby sme dosiahli určitú mieru ochladenia, avšak nemôžeme fúkať moc silno, pretože vysoký tlak vytlačí vodu cez telo vodnej fajky až do korunky, čím zaplavíte tabak vodou a zahasíte vodnú fajku.
5. Údržba - po fajčení odoberieme uhlíky a odložíme ich do nosiča uhlíkov, prípadne zahasíme. Počkáme, kým sa vodná fajka schladí a potom môžeme odobrať korunku. Korunku ani žiadnu časť vodnej fajky neumývame, pokiaľ je horúca! Môže tým dôjsť k deformácii produktov. Z korunky vysypeme prehorený tabak a umyjeme ju vodou. Telo vodnej fajky prepláchneme vodou alebo čistiacim prostriedkom na to určeným, následne očistíme vnútro tela kefou a znova opláchneme. Z vázy vylejeme vodu a opláchneme ju vodou, následne použijeme sprej na čistenie vázy, očistíme vázu kefou a poriadne prepláchneme. Po viacerých použitiach odporúčame vodnú fajku kompletne rozobrať a vyčistiť všetky diely. Treba však dávať pozor na závity, aby nedošlo k ich poškodeniu.
